自毛植毛とアレルギー体質に直接の関係はありません。ただし、アトピー性皮膚炎などで重度の皮膚炎を患っている場合、植毛の定着率が低下する恐れがあります。そのため、頭皮のコンティションによっては手術の見合わせをおすすめするケースもあります。
また、手術に用いる麻酔薬やメスなどの金属機器、術後に投与される抗生物質に反応するアレルギーをお持ちの方が稀にいらっしゃいます。術中、術後のトラブルを避けるためにも、十分な問診は不可欠であり、その際は「このアレルギーについては、伝える必要はないだろう」と自身で判断せずに、すべて医師にお話しいただくことが大切です。

自毛植毛とは、その名の通り“自分の髪（毛根細胞）を薄くなった箇所に植え直す”という薄毛治療です。自分の髪である以上、拒絶反応が起きることはありません。
その一方で人工毛という異物を頭皮に移植する人工植毛では、拒絶反応は避けられません。免疫機能により、人工物を排除しようとする反応が引き起こるからです。
仮に手術の直後は問題がなくても、人工毛の材質の変化や頭皮コンディションの変化による刺激でアレルギー反応を起こす場合があります。